A l’heure actuelle, plus de 90% des grands animaux sont soit des humains, soit des animaux domestiqués [2] . La réduction des surfaces d’habitat des espèces sauvages, résultats de l’extension des terres agricoles, des zones urbaines et des sites industriels, a donc eu un impact significatif sur la biodiversité dans toutes ses composantes, des gênes aux communautés d’espèces constituant nos écosystèmes qui se voient largement réduites. Une étude publiée en 2018 [3] menée sur l’ile de Madagascar a mis en évidence l’impact des activités humaines sur la déforestation depuis 1950, alors que 90% des espèces sont dépendantes de la forêt.

Alors naïvement, on pourrait penser que par la même, les pathogènes s’en verraient diminués par la disparition de leurs hôtes. Mais de fait, l’inverse est vrai à savoir que la diversité des espèces constitue un tampon réduisant le risque de transmission inter-espèces. Ainsi, l’effondrement de la richesse des espèces et tout particulièrement dans les zones équatoriales a conduit à une migration plus importante des pathogènes vers les zones géographiques plus tempérées, où l’amélioration des conditions d’hygiène au 20ème siècle a amplifié le risque, avec une diminution de la réponse immunitaire face à une infection, génération après génération.
Et puis, la disparition d’espèces provoque aussi une réaction en chaîne dans nos écosystèmes avec notamment l’apparition d’espèces opportunistes, telles que les rongeurs, qui sont potentiellement les hôtes et vecteurs de pathogènes inter-espèces sur des zones géographiques plus larges. Au global, la diffusion plus étendue des pathogènes peut ainsi provoquer des co-infections et ainsi créer des mutations plus virulentes encore. Et faut-il de plus ajouter que notre connaissance de la diversité des pathogènes reste encore limitée à ce stade (de 10% à 50% des êtres vivants), pour comprendre que nous n’avons pas encore mesuré tous les risques [4] ?